针对农业现有的弊病，《意见》指出，推进农业供给侧结构性改革，要在确保国家粮食安全的基础上，紧紧围绕市场需求变化，以增加农民收入、保障有效供给为主要目标，以提高农业供给质量为主攻方向，以体制改革和机制创新为根本途径，优化农业产业体系、生产体系、经营体系，提高土地产出率、资源利用率、劳动生产率，促进农业农村发展由过度依赖资源消耗、主要满足量的需求，向追求绿色生态可持续、更加注重满足质的需求转变。
唐仁健指出，改革的核心是理顺政府和市场的关系，实现“三大激活”——激活市场。深化粮食等重要农产品价格形成机制和收储制度改革、完善农业补贴制度等重要举措。激活要素。改革财政支农投入机制、加快农村金融创新、深化集体产权制度改革和探索建立农业农村发展用地保障机制等重大政策举措。激活主体。培育新型农业经营主体和服务主体、开发农村人力资源和吸引各类人才回乡下乡创新等政策措施。
中国社科院农村发展研究所研究员李国祥告诉每日经济新闻(微信号：nbdnews)记者，“农业供给侧结构性改革的主要着力点要定位在优化农业生产，加大力度推进农产品价格形成机制改革和粮食等重要农产品收储制度改革，深化涉农投融资体制机制改革，更多地依赖社会化服务发展来解决农业化学投入物滥用和过量使用难题，针对农业农村发展的突出瓶颈和限制因素设计新机制、实施新政策。”
将划定重要农产品生产保护区
《意见》指出，优化产品产业结构，着力推进农业提质增效。将进一步优化农业区域布局，以主体功能区规划和优势农产品布局规划为依托，科学合理划定稻谷、小麦、玉米粮食生产功能区和大豆、棉花、油菜籽、糖料蔗、天然橡胶等重要农产品生产保护区，并对功能区和保护区内地块全部建档立册、上图入库，实现信息化精准化管理。
在此前中央农村工作会上，亦提出要立足比较优势，优化区域结构，重点建设好粮食生产功能区、重要农产品生产保护区、特色农产品优势区。设立重要农产品生产保护区的信息，对我国的大豆、蔗糖、棉花等重要农产品无疑是一项重大提振。在进口大豆连年争夺城池的紧逼下，中国大豆产业节节败退。据国家粮油信息中心统计数据，2015年我国大豆种植面积和总产量进一步萎缩，大豆总产量降至1100万吨左右，创近22年新低。
大豆之外，棉花和糖料蔗也各有各的难处：棉花“三量齐减”，棉花产能、植棉意向、纺织用棉三者都在减少，而进口棉在国内长驱直入;糖料蔗，种植成本上升、种植面积下滑，“甜蜜事业”无奈面对收购价逐年下跌。在建设重要农产品生产保护区的政策目标下，粮棉油糖等重要战略农产品将获得产区比较优势的发挥。
农业部副部长余欣荣此前表示，“划定重要农产品生产保护区，要顺应区域产业转移、产业升级的大趋势，放眼今后10年甚至更长时期，突出生产条件、生产成本具有相对优势的产区，突出保护东北大豆、新疆棉花、长江流域油菜籽、广西和云南糖料蔗等重点产区，发挥比较优势。”
